I slutningen af 1940 er Frankrig officielt i krig med Tyskland. De tyske styrker invaderer Frankrig nordfra, og den franske hær er fuldstændig underlegen. Det er under disse forhold, at Saint-Exupéry bliver indkaldt til militæret, og hans opgave bliver at flyve rekognosceringsflyvninger over de tyske stillinger. I bogen ”Pilote de guerre”, (”Krigsflyver”, 1943), som udkommer samtidigt i Frankrig og USA i 1942, beskriver han det altødelæggende krigshelvede, som soldater og civile befinder sig i.
Her skildres en stemning af håbløshed og absurditet. Der er ingen mening i at kæmpe denne krig, som alligevel bliver tabt, og der er som følge heraf heller ingen mening med hverken kroppen eller livet. Alt ses i brudstykker. En arm her. En næse der. En fod der. Mennesket er eksistentielt truet. ”Krigsflyver” bliver mere og mere skinger i sin tone mod dens slutning. Gang på gang påkaldes Gud og en universel ånd, men det er som om, der ikke kommer svar fra den kant. Det eneste, der står tilbage, er at handle trods dødstruslen. En af de centrale sætninger i bogen lyder: ”Hvad er jeg, hvis jeg ikke deltager? Jeg har brug for at deltage for at kunne mærke, at jeg er til”. (”Krigsflyver”, s. 112). Bogen er på mange måder en anklage mod den materialistiske verden og fornuften, der styrer ideologierne, og som ligger bag udviklingen af de moderne krigsvåben. Og den er en hyldest til det etiske og fysiske mod, der ligger skjult i ethvert menneske, hvis man dyrker det.
I USA er ”Krigsflyver” den mest solgte bog i seks måneder efter dens udgivelse, mens den i Frankrig hurtigt forbydes af tyskerne. Senere er bogen karakteriseret som ”det mest betydningsfulde svar demokratierne har haft på ”Mein Kampf”.