Debutromanens handling udspiller sig inden for en århusiansk sabotagegruppe 1944. Krigen er den dramatiske baggrund for en lidenskabelige kærlighedshistorie mellem studenten Holger og Gerda, gift med lægen Christian Borck, der er gruppens leder. Da en sabotageaktion ender i katastrofe, vælger Gerda at følge sin sårede mand til Sverige. Fra Holger er afkaldet næsten ubærligt; hverken han eller læseren lader sig umiddelbart trøste af de ord, forfatteren i det tidligere omtalte essay havde brugt om Martin. A. Hansens "Løgneren": "Netop det at en konflikt får lov at stå ved magt er opløftende. At der nok gives afslutning, men ingen løsning, der ophæver spændingen." Trods en vis tidsbinding i holdninger og stil lever De nøgne Træer stadig i kraft af sit stærke stof og sin ægte følelse; den er ikke blot en (ny)dansk klassiker, men også oversat til mange sprog.
Også Dagstjernen (1962) er en besættelsesroman; den beskriver dræberens ensomme job. I 1944 havde Martin A. Hansen i sin illegalt publicerede "Dialog om Drab og Ansvar" forsvaret stikkerlikvideringer, men havde efter krigen svære skrupler over måske at have lokket nogle ud i noget, de ikke kunne bære. Romanens svar er, at likvidere kan man kun helt alene; andres ord og grunde tæller ikke i den afgørende situation. Dagstjernen er en intens og stærkt fortalt historie; dog indimellem - ikke mindst i slutningen - tynget af metafysisk snak, der slører det eksistentielt enkle budskab.