Mette Thomsen er født (1970) og opvokset i Humlebæk. Gymnasieårene tilbragte hun på N. Zahles Gymnasieskole i København, hvorfra hun tog en klassisk-sproglig studentereksamen i 1989. Som barn og ung har Mette Thomsen både tegnet og fortalt mange historier, og i foråret og sommeren 1991 gik hun på tegneserieskole i London (The London Cartoon Center).
Herefter vendte hun tilbage til København og begyndte på jurastudiet, men efter to år sprang hun fra og videreuddannede sig i 1993-94 som tegner på tegneserieværkstedet Fort Kox på Vesterbro i København.
Som 24-årig debuterede Mette Thomsen med romanen Af en superhelts bekendelser (1994), der efter kort tid udløste et arbejdslegat fra Statens Kunstfond. Året efter begyndte hun at studere psykologi på Københavns Universitet og udsendte samme efterår sin anden roman Plastic (1995), der fik stor opmærksomhed i medierne og solgte mere end 9.000 eksemplarer.
Siden har Mette Thomsen skrevet romanen Hajfyldte farvande (1996) og ungdomsromanen De levende døde (1999). I 1997 modtog Mette Thomsen igen et arbejdslegat på 40.000 kr. fra Statens Kunstfond.