Kirstine Reffstrup er født i 1979 og opvokset i den lille nordsjællandske by Lillerød. Hun var som barn en ivrig læser, og hun drømte allerede i barneårene om at blive forfatter som voksen. Kirstine Reffstrup har studeret litteraturvidenskab og kunsthistorie på Københavns Universitet, men skiftede siden til Skrivekunstakademiet i Bergen og forfatterskolen Litterär Gestaltning i Göteborg.
I sommeren 2012 stødte hun på en bog i en boghandel i Berlin, hvor hun boede på det tidspunkt. Bogen indeholdt et fotografi af en kvinde, der var klædt som høvding, iført en særlig dragt og med et bånd med fjer om hovedet. Kvinden på fotografiet var den tyske avantgardekunster og forfatter Unica Zürn, og hun vakte Kirstine Reffstrups nysgerrighed. I 2013 oversatte hun en række af Zürns anagramdigte, som udkom i bogen ”Heksetekster”, og siden hen gik hun også i Zürns fodspor fra fødestedet Wannsee til Berlin, Paris og den franske landsby Ermenonville. I 2016 debuterede Kirstine Reffstrup i debutromanen ”Jeg, Unica” med en fiktiv fortælling om Unica Zürn og hendes partner, billedkunstneren Hans Bellmer.
Grundig research gik også forud for Reffstrups anden roman, ”Jernlungen”, der udkom i 2023. Kirstine Reffstrup var længe optaget af den store polioepidemi, der ramte Danmark i 1952, og stødte i den forbindelse på et fotografi af et barn, der lå i en såkaldt jernlunge – en cylinderformet jerntank, som var datidens respirator: ”Jeg blev grebet af billedet af den lille, sårbare krop, som lå i den her enorme maskine. Jeg tænkte, at det også var et stærkt billede på ensomhed og afhængighed af noget, som er større end en selv,” forklarer Reffstrup (Kim Andrea Brofeldt: Kirstine Reffstrup om Jernlungen. Gyldendal.dk, 2023-11-20).
I 2023 var Reffstrup en af bidragsyderne til antologien ”Afbrydelser”. I 2024 var hun del af den redaktion af forfattere, der udvalgte og redigerede tekster om forældreskab til antologien ”Moderelementet”. Hun fik i 2024 et toårigt arbejdslegat som Writer in Residence på Institut for Kommunikation og Kultur på Aarhus Universitet, hvor hun skal beskæftige sig med emner som køn, feminisme, erindring og glemsel.
Kirstine Reffstrup har en kæreste, Laima Nomeikaite, der forsker i gadekunst og graffiti, og en datter. Hun bor i Norge med sin familie.