Rasmus Villads Christian Ferdinand Winther blev født i 1796 i Fensmark på Sydsjælland. Han var søn af sognepræst Hans Christian Winther og hans hustru, Johanne Dorthea. Christian havde gode barndomsår i et hjem præget af både oplysningstidens dannelsesbegreber og natursværmeri. Moderen holdt af musik, hvilket også påvirkede den unge Christian Winther. Det samme gjorde indtryk fra den sydsjællandske natur, hvilket senere ville præge forfatterskabet. I 1808 døde faderen, og tre år senere giftede moderen sig med præsten i Købelev, Rasmus Møller, som siden blev biskop. Christian fandt sig godt til rette med sin nye familie. Der var seks børn, fire musikalske døtre og to sønner, hvoraf den ældste var Poul Martin Møller, som skulle blive en kendt digter og filosof i sit voksenliv. Christian Winther blev i 1815 student fra Nykøbing Katedralskole.
Drevet af familietradition og hjemlig påvirkning begyndte han herefter at studere teologi ved Københavns Universitet og flyttede i 1818 ind på Regensen. Han var med til at oprette Studenterforeningen i 1820, og ved stiftelsen blev hans digt ”Her under Nathimlens rolige Skygge” sunget i Regensens gård. I ungdomsårene færdedes den unge Winther i de dannede borgerhjem, hvor han drøftede poesi og æstetik. Han var blandt andet en velkommen gæst i Bakkehuset, hvor han dyrkede folkeviser og middelalder med Knud Lyne Rahbek og italiensk poesi med Kamma Rahbek. Begge dele fik stor betydning for hans udvikling som digter.
Det teologiske studium interesserede ham til gengæld ikke meget, og i 1821 kaldte familien ham hjem til Købelev, for at han under stedfaderens vejledning og opsyn kunne færdiggøre sin kandidatgrad. Der blev dog også tid til andet. Han samlede ord og vendinger fra de lokale dialekter, hvilket blev udgivet som ”En Samling lollandske og falsterske Ord” i 1823. Han skrev ligeledes digte som en tiltrængt afveksling fra det teologiske terperi. Mange af digtene blev siden inkluderet i hans debutdigtsamling.
I 1824 tog Winther sin teologiske embedseksamen. Han brugte dog ikke sin eksamen til at søge embede, men blev derimod huslærer – og forelskede sig dybt i sin elev, Alvilde, som dog afviste hans bejlen. For arvede penge drog Christian Winther til Tyskland og Italien og brugte på kort tid hele sin arv efter sin farbror. Økonomiske problemer ville resten af Winthers liv være en del af hans tilværelse. Hjemvendt til Danmark debuterede han som forfatter i 1828. Winther forlovede sig med pigen Sophie, men brød siden forlovelsen og mødte i 1836 den allerede gifte kvinde Julie Werliin. Hun blev Christian Winthers store kærlighed. De indledte et kærlighedsforhold, men kunne først gifte sig i 1847 efter Julies skilsmisse.
Christian Winther ernærede sig i disse år som lærer for kronprins Frederiks forlovede, prinsesse Caroline Mariane af Mecklenburg.
Winthers romantiske versfortælling ”Hjortens flugt” havde været længe undervejs, da den udkom i 1855. Allerede før sin forfatterdebut havde Winther ideen om et langt fortællende digt med historisk stof. ”Hjortens Flugt” blev ved sin udgivelse modtaget med stor begejstring af anmeldere og læsere.
Christian Winther tilbragte de sidste år af sit liv i Paris, hvor han også døde i 1876. Han blev efter sin død bragt til København og ligger begravet i Holmens kirke.