Jens Peter Jacobsen (det er lige så forkert at sige J.P. som at skrive I.P!) blev født i Thisted i 1847 og voksede op i et borgerligt, men ikke særlig bogligt hjem. Faderen, Christian Jacobsen, var en opkomling, der tidligt mistede sin far og måtte klare sig selv. Han begyndte som pranger, men svang sig op til at blive storkøbmand, ejer af en mindre skudeflåde, en gård og et brændevinsbrænderi. I skolen var Jens Peter for det meste fuks, dvs. den dårligste i sin klasse, en adspredt drømmer, der dog fik u.g. i botanik og dansk. Efter realeksamen blev J.P. Jacobsen sendt til København for at blive student, men til forældrenes skam dumpede han og måtte gå et år om.
I sine første studieår gennemlevede Jacobsen en for tiden typisk ungdomskrise, hvor han både kom i tvivl om sin fædrene tro og sin kønsidentitet. I trosspørgsmålet valgte Jacobsen at blive ateist under inspiration af religionskritikere som Strauss og Feuerbach. Allerede i 1867 tumlede han med planerne om en roman med arbejdstitlen Atheisten , og det er karakteristisk, at han på en folketællingsblanket skriver tallet nul ud for rubrikken Trosbekendelse.
I kønnenes kamp veg han tilbage fra at indlede et forhold til barndomsveninden Anna Michelsen, og i trods forlovede hun sig med sin fætter, fordi Jacobsen hverken kunne eller ville følge hende i tro eller kærlighed. I stedet dyrkede Jacobsen på afstand sin fascination af den purunge solodanserinde Betty Schnell og reflekterede i sine optegnelser og digte over sine erotiske fantasier. I dag kan vi se, at de har en sado-masochistisk karakter og kan efterspores mange steder i det senere forfatterskab.
Efter studentereksamen indskrev J.P. Jacobsen sig som 20-årig på universitetet, bestod Filosofikum uden at læse op til eksamen (ved rent helt trak han et spørgsmål som en ven har gennemgået for ham aftenen inden) og begyndte sine studier i naturvidenskab. I 1870 blev J.P. Jacobsen bedt om at introducere Charles Darwin i vennen Vilhelm Møllers nystartede Nyt dansk Maanedsskrift. I dette blad publicerede Jacobsen otte artikler om Darwin i perioden 1870-73. En af de centrale artikler, Jacobsen skrev, handlede om parringsvalget, og kan ses som et væsentligt forstudium til Fru Marie Grubbe. Efter Jacobsens død samlede Vilhelm Møller artiklerne til bogen Darwin, hans Liv og Lære , der udkom i 1893.
Sideløbende med introduktionerne oversatte Jacobsen Darwins hovedværker til dansk - et bestillingsarbejde, som Gyldendal sætter ham på. I 1872 udkom Om Arternes Oprindelse, mens Menneskets Afstamning og Parringsvalget blev udgivet i hæfter i 1874-75. Kronen på den videnskabelige karriere blev dog sat i 1873, da Jacobsen modtog universitetets guldmedalje for en afhandling om ferskvandsalger, der blev publiceret i Botanisk Tidsskrift 1874-76 under titlen: Apercu sytematique et critique sur les Desmediacées du Danemark. Samme sted blev resultaterne fra et tidligt feltstudium publiceret: Fortegnelse over de paa Læsø og Anholt i 1870 fundne Planter. (1879-80).